Nació en Ondarroa el cinco de marzo de 1892, hijo de Lino Rufino y Josefa. Se casó con Trinidad Eguia Eguileor el 5 de Febrero de 1921, siendo padres de cuatro hijas y dos hijos: María Luisa, Paulino, Martina, Bonifacio, María Trinidad y Juanita.
De niño, con 14 años, emigró junto con su hermano de 16 años a América, donde se dedicó al pastoreo y con el dinero que había conseguido ahorrar, a su regreso se dedicó al transporte en Ondarroa, principalmente al de pescado.
Estaba afiliado a Izquierda Republicana desde 1935.

Arbitrariamente detenido por la denuncia de otro transportista de pescado de Ondarroa (Isidro Astelarra), permaneció dos días en la cárcel de Ondarroa.
Fue interrogado por los militares a partir del 15 de febrero de 1937, declarándose militante de IR y presentando como testigo al alcalde Sánchez Ocaña. Este manifestó que, aunque buena persona, Garmendia, era de ideas izquierdistas. Además, propuso otros testigos (el cabo de mar José Ochoa e Isidro Astelarra) quienes declararon en contra de Garmendia acusándole de extremista y colaborador del Frente Popular. Es significativa la declaración de Astelarra en la que admite que se había apoderado del camión del acusado. En la misma línea de los anteriores se manifestó también un aguacil ondarrés.
Tras esas primeras declaraciones fue enviado a la cárcel de Donostia, donde a finales de febrero fue juzgado militarmente, juicio en el que volvieron a declarar los ya citados testigos quienes se limitaron a ratificar las acusaciones hechas en Ondarroa. Fue condenado a 30 años de cárcel por el tribunal militar el 12 de mayo de 1937.

Según testimonios de su nieto Lander Garmendia:

«El abuelo no daba crédito a lo que escuchaba de la gente de Ondarroa, no podía creer lo que decían y no pudo articular palabra, al no reaccionar no pudo defenderse.
Recluido en la cárcel de Ondarreta, finalmente es trasladado al fuerte de San Cristóbal el 9 de Julio de 1937. En el fuerte fue recluido en la planta baja, una planta encharcada y sin apenas luz. El abuelo solicitó varias veces a la gente de Ondarroa, que pudiera tener conocidos en el lado nacional, a Luis Arriola médico y Karrikirriosa, ayuda para que le trasladasen al piso superior, pero si bien recibían buenas palabras de esta gente de Ondarroa nunca hicieron nada para poder trasladarlo. Según las cartas recibidas por nuestra abuela de su marido José, en la primera planta se encontraban los presos políticos, y en la planta baja donde él estaba los presos comunes. Este hecho no cuadra con los datos históricos, pues en la planta baja los que estaban eran presos de la guerra civil, principalmente republicanos, aunque también habría algunos presos comunes. Pero también en el escrito de Manolo Urkiaga, de Ondarroa, habla de la brigada de los comunes, y también comenta que él estuvo 16 días allí dentro en el subterráneo, y después lo subieron a Pabellones. Y en los Pabellones en la planta primera se encontraban la mayoría de presos vascos nacionalistas, oficiales republicanos y algunos políticos, donde las condiciones de vida no tenían nada que ver con la planta baja, por lo que creo yo que el abuelo al ser vasco, y saber que en la planta de arriba había gente de Ondarroa, que había entrado como él, consideraba que él también tenía que estar junto a ellos, y por eso lo pedía tanto».

El 22 de mayo de 1938 tiene lugar la conocida Fuga de San Cristobal, en la que José se vio involucrado, según algunos testigos, involuntariamente. Ese mismo día llegó a un caserío cercano en el que no se pudo quedar. Al día siguiente decidió entregarse a la Guardia Civil siendo encarcelado en la cárcel de Atarrabia-Villava. No sabemos por qué razón concreta, un grupo de matones carlistas de Ororbia lo sacaron de la prisión el mismo día 23 o el 24 y en un taxi de este pueblo lo trasladaron a Ibero, donde fue asesinado. Fue el taxista el que insistió en que se confesara, lo que hizo ante el cura de Ororbia Norberto Echevarne. Este hecho lo recogió el párroco de Ibero Alberto Oficialdegui en sus certificaciones.
El nieto de José continúa la narración de los hechos posteriores:

«En el momento de la confesión, el abuelo no puede entender que lo vayan a matar, pues es inocente y padre de 6 hijos, pero los matones apremian al cura para que acabe cuanto antes y se vaya del lugar. El cura se marcha diciéndoles que no le hagan sufrir más. Una vez fusilado, el taxista va a buscar al párroco de Ibero para que le dé tierra.
Con los datos que proporciona José Garmendia al párroco Alberto Echavarne, más adelante, un religioso organista de Pamplona, Segundo Egaña, alias ‘seis dedos’, notifica a una hermana del ejecutado su muerte, y esta a su vez a la viuda, Trinidad Eguía, quien se desplaza a Pamplona y Ororbia. Al llegar cerca de Pamplona, es recogida por un camión para poder llegar hasta Ororbia. En ese viaje el camionero le pregunta si es viuda y qué le había pasado; la abuela le comenta cómo ha sido informada de que han asesinado a su marido, natural de Ondarroa. De esta conversación el camionero le confirma sin lugar a dudas, preguntándole si José era alto y fuerte, y con mucho oro en los dientes, a lo que Trini contesta afirmativamente pues el abuelo vino con los dientes arreglados con oro desde América, que fue él mismo, el que llevó en ese mismo camión junto a dos guardias civiles a José Garmendia desde el sitio en el que se entregó hasta la cárcel de Villava.
Al llegar a Ororbia, Trinidad contacta con el taxista que hizo el traslado de la comitiva desde Villava al punto de fusilamiento, que es a orillas del rio Arga, en el término de Ibero y quien le detalla los hechos e incluso señala desde su casa a un grupo de mujeres como familiares de los matones. Ante el interés de Trinidad de hablar con esas mujeres, le pide encarecidamente que no lo haga, en el convencimiento de que iban a asesinarla a ella también. Sobre este taxista decía la abuela que debía de ser un señor muy fuerte, al cual le sobraba la camisa por todos lados debido a lo que había adelgazado, por el sufrimiento de estar llevando a muchos hombres a que fueran fusilados»

Más tarde, Trinidad fue al lugar del enterramiento y colocó una herradura en el árbol que estaba junto a la fosa, en el lugar. Años más tarde, en otra visita a la fosa ya no pudo encontrar la herradura. Según narra su nieto:

«En otra o en la misma visita de la abuela Trini con el tio Boni, el párroco de Ororbia que lo confesó, les dijo que él era requeté, y los requetés (Carlistas) lo habían fusilado, pero que tenía que dar fe de lo que habían hecho, y que creía que nuestra familia debería de vengar lo que habían hecho con el abuelo».

El párroco de Ibero, a instancias de la viuda, certificaría en 1941 que fue fusilado el 24 de mayo de 1938 y enterrado junto a la orilla del río Arga, con lo que pudo llevar a cabo la inscripción tardía de su defunción en el juzgado de Mar- kina, figurando en Ondarroa con fecha 26 de junio de 1941.344

Testimonio de Miguel, vecino de Ibero, 1978.
Altaffaylla Fondoa. Olza-Etxauri, ficha 28.

«Ese día marchamos a enterrar a oscuro ciego; avisaron que habían matau a uno que había que enterrar. Alli con una linterna, ande estará, ande no estará! Y lo habían llevau un pedazo más a la derecha. Pero ya no se conoce el sitio ni nada. Ese solo me parece que era de Gipuzkoa o por ahí. Precisamente le quitamos el pantalón y los zapatos, pa uno que andaba aquí mal vestido siempre, era enterrador. Un traje nuevo;¡ estaba más chulo! Se llevó la chaqueta, el pantalón y los zapatos, y vistió como un señorito».